Originario de Guanabacoa, Fernando Pérez descubrió la magia del cine a través de su padre, un cartero al que él mismo describió en una reciente entrevista como un «río de curiosidades», abriéndose ante él un mundo de descubrimiento.
Antes de embarcarse en su trayectoria cinematográfica, Pérez se graduó como Técnico de Comercio para contribuir económicamente en su hogar, hasta que en 1962 logró ingresar al Instituto Cubano del Arte e Industria Cinematográficos (ICAIC).
Graduado en Humanidades por la Universidad de La Habana, tuvo como maestros a destacadas personalidades como Beatriz Maggi, Dolores Nieve, Camila Henríquez Ureña, Mirta Aguirre y Roberto Fernández Retamar.
Aunque su estancia en la universidad se prolongó más de lo previsto, dado que comenzó a trabajar como asistente de dirección para Tomás Gutiérrez Alea, conocido como Titón.
Pérez más adelante se unió a la comunidad de cineastas y documentalistas bajo la égida del Noticiero del ICAIC, creado por Santiago Álvarez y también integrado por Rolando Díaz (Los pájaros tirándole a la escopeta, En tres y dos) y Daniel Díaz Torres (Jíbaro, Alicia en el pueblo de Maravillas).
En 1988, emerge bajo su batuta «Clandestinos», un clásico del cine cubano con los inolvidables Luis Alberto García Novoa e Isabel Santos como protagonistas, una obra que Pérez considera como un encuentro personal.
A partir de ahí, la historia se desenvuelve por sí sola, desde el secreto de la felicidad en «La Vida es Silvar», los silencios que claman en «Suite Habana», hasta «Insumisas» junto a Laura Cazador o su singular humor negro en «El mundo de Nelsito», Pérez es reconocido como uno de los cineastas más destacados nacidos en la Isla, y que en este noviembre cumple 79 años.
Además, se le distingue por su constante apoyo a las nuevas generaciones. En la noche del 27 de noviembre de 2020, frente al Ministerio de Cultura, Pérez fue uno de los artistas consagrados cubanos que exigieron a sus dirigentes entablar un diálogo con los jóvenes.
También ha mantenido una postura firme frente a la censura, siendo recientemente uno de los firmantes del pronunciamiento que denuncia la suspensión del documental «La Habana de Fito» sobre Fito Páez y Cuba en una sala de cine de la capital. Este acto ha sido calificado como «censura» por su realizador Juan Pin Vilar.
